國立海洋生物博物館位於屏東縣車城鄉，全區規劃面積合計為96.81公頃，其中博物館區規劃興建35.81公頃，而週邊綠地與服務設施區（如停車場、遊客服務中心）則佔地60餘公頃。建築配置可區分為：博物館（台灣水域、珊瑚王國、世界水域三大主題展示館、行政與教學中心、水族實驗中心、服務設施、研究大樓、維護設施、國際會議中心以及學研中心等數個主要建築區。
座落山水之間的博物館，整體規劃理念主要以展現「水」的精神與特性為主，以低密度的建築開發，分散機能相異的建築物並以步道相連接，維持了與原有自然環境的和諧關係。此外，國立海洋生物博物館的建立除了為達成國家既定的教育、文化、經濟與休憩目標外，我們更希望在對自然的尊重，對環境的愛護，甚至對人類明日世界的展望上，都能盡到自己最大的心力。
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